現代化的企業發展越來越重視內部制度審計，完善的制度審計能夠促進企業目標的實現，經營效率的提升和風險防御能力的增強。制度審計如何操作呢？無非就是合理制定規章制度，設定管理流程，加強制度執行的監督。
一、制定合理的制度
企業管理中首先應根據自身發展的需要，制定有效的規章制度。只有制定規范的規章制度，才能為制度審計提供基礎。制度就是一根管理高壓線，讓大家在工作中有章可循，有標準可依，只有按制度做事，才能使企業管理變得規范。
制度制定是否合理，對工作目標的實現有直接影響。英國人發現澳洲大陸以后，開始大量地移民。初期制定的政策是按照客輪出發時所載人數結算費用，可這種方式帶來的問題是能夠抵達澳洲的人數大量減少。英國人分析原因后發現，客輪老板在運輸過程中根本不關心客輪人員的死活，導致大量人員在運輸過程中出現傷亡情況。找到原因后，英國人改變結算政策，改為以到達澳洲的人數進行結算，安全抵達人數大幅增長。通過這個實例，我們可以看出，要想完成企業設定的目標，制度就必須要合理制定。
二、依據制度，設定管理流程
有了制度，再走流程，讓部門職責分明，員工各司其職，保證制度能夠落地。舉個簡單的例子，企業新員工入職，都有新員工入職流程，第一步干啥，第二步干啥等等。試想一下，如果沒有這個入職流程，不管是人力資源，還是新員工都會感覺工作無法著手。這也就是為什么麥當勞的員工從入職到獨立上崗僅僅只需要6個小時，流程的設定極大地提升了工作效率。即使員工出現流動，只要按照流程，新員工也能夠很快上手新工作。由此可見，設定流程的意義極大。
流程的設定需要充分考慮到不相容崗位分離、授權審批、部門職責分工等因素，確保流程設定的合理性、完整性和規范性。
三、監督制度、流程的執行
管理制度設計得再合理、流程設計得再完美，如果沒有真正的執行，那也相當于把制度鎖進了檔案柜，毫無意義。因此，制度審計的目的就是，監督制度的執行力和流程執行的合規性。
那么，制度審計到底如何操作呢？
1、把制度文字和流程表格化，指標化，對制度進行細化分解，摘取可以量化考核的指標設計檢查表，注明管理風險關鍵點。
2、制定項目制度審計計劃，編制審計項目實施方案。
3、抽調專人成立審計小組，依據審計計劃和實施方案開展審計，審計過程中著重關注風險關鍵點的工作執行情況。
4、審計過程中，審計人員及時編制審計工作底稿，收集審計證據。
5、審計小組出具審計報告，提出審計發現的問題和審計意見，并提出合理化建議。
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